被唤醒、具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”,并试图使用核弹将哥斯拉消灭,然而最后只能使哥斯拉沉睡在太平洋深处。以后各国便联合展开所谓“帝王计划”,以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年,菲律宾某矿区发生地震,参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查,在陷坑中发现了虫形怪兽“MUTO(穆托)”的石化卵囊,还发现有只孵化的穆托已经逃逸。同年,日本一所核电厂,因为未知原因的地震引发辐射外泄,工程师乔·布罗迪的妻子遇难。
15年后,乔·布罗迪的儿子福特,现为美国海军中尉,专长为拆弹爆破。某日,福特接到日方的来电,他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕,需要亲人前往保释。原来乔15年来一直执著在辐射外泄真相的追查,为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远,妻子艾丽鼓励福特前往日本顺道修补父子关系。
谷鑱/span将父亲保释出后,福特在乔的说服下,两人前往废核电厂管制区寻找证据遗物,却赫然发现早已没有辐射污染。
乔和福特顺利找到证物,却在归途中被军人抓捕,押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。而这个基地是“帝王计划”的研究场所,研究一个穆托的蛹,并设法困住它。领队芹泽得知乔曾是核电厂的工程师,听闻乔和保安的对话,以及从他身上搜出的资料,发现他和乔怀疑的核电厂事故发生原因竟然相同,是以吸收核辐射为生的怪兽穆托所造成的。
蛹内的穆托,一直以来有与外界周期性沟通的迹象,但不知作用为何。然而此时穆托发出的频率越来越频繁,芹泽只好启动电网,意图杀死穆托,然而失败。穆托发动电磁脉冲瘫痪了研究所内的电子设备,乔和福特也趁此机会顺利逃离。但在此时穆托破茧而出,毁坏了大半的研究所,混乱当中乔从高处摔下,送院途中不治身亡。而穆托朝着太平洋另一端振翅而去。
发现怪兽出没的美国军方,已在太平洋周边进行防御部署。芹泽告知军方:以穆托的破坏力,人类的武器无法与之抗衡。恰巧因穆托与外界沟通期间,也侦测到哥斯拉苏醒的回应,芹泽大胆推断人类需借助哥斯拉的威力来消灭穆托。然而美军指挥官担心会伤及无辜,表示不予认同。
在父亲身亡后,才知道了他说的属实的福特,也担心怪兽会对家人造成伤害,向军方贡献力量,借此顺道返回美国。而后美军以监督护卫的方式,跟随哥斯拉经过了遭穆托肆虐的夏威夷而到达美国本土内华达州;原来也有一只雌性穆托潜伏在美国内陆,以赌城附近的核废料场为生,与在日本的雄性穆托经过沟通联络上后,欲在旧金山会合而达到繁殖的目的。哥斯拉则侦测到穆托们的沟通而展开追击,以维持自然界的平衡。
然而美军却打算以核弹引诱穆托,再以穆托引诱哥斯拉,打算借由核弹的爆炸威力同时杀死这三只巨兽。因为穆托的电磁脉冲能瘫痪电子军武,核弹的引爆装置被改成传统倒数器来替代。在用火车运送引诱用的核弹头时却被雌穆托劫车,而最后剩下的那颗核弹在海上的运送过程中被雄穆托抢走,赠予雌穆托,当作穆托幼体们的食物来源。
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